In de Flora- en faunawet, maar ook in de nieuwe Wet natuurbescherming, die per 1 januari 2017 inwerking treedt, hebben faunabeheereenheden een belangrijke coördinerende rol in de uitvoering van het planmatige faunabeheer. In de Flora- en faunawet alleen ten aanzien van aanwijzingen en ontheffingen op basis van het faunabeheerplan, echter in de nieuwe Wet natuurbescherming zullen ook de jacht en vrijstelling onderdeel uit gaan maken van de door faunabeheereenheden opgestelde en door provincies goedkeurde faunabeheerplannen. Faunabeheereenheden zijn in beginsel samenwerkingsverbanden van jachthouders.
Grondeigenaren maken vanuit het grondwettelijk eigendomsrecht aanspraak op het jachtrecht. Iedere grondeigenaar is in beginsel jachthouder. Dat wil niet zeggen dat deze dat zelf uitvoert en of uit moet voeren. Door middel van pacht of verhuur kunnen de jachtrechten over gaan naar andere personen dan de eigenaar. De eigenaar doet daarbij afstand van het jachtrecht. Een jachthouder is dus niets meer of minder dan de persoon of organisatie die vanuit eigendom, pacht of huur beschikt over de jachtrechten.
Het jachtrecht geeft, privaatrechtelijk, recht om krachtens de Wet maatregelen uit te voeren gedurende het jachtseizoen, ten aanzien van de voor de jacht wettelijk benoemde soorten.
Alle overige maatregelen in het kader van faunabeheer vallen onder beheer en schadebestrijding. Hiervoor is niet de jachthouder, maar de grondgebruiker (eigenaar of agrariёr) verantwoordelijk. Handelingen op basis van beheer en schadebestrijding vinden plaats op basis van een grondgebruikersverklaring ten dienste van de grondgebruiker. De in de Wet genoemde belangen hebben betrekking op de belangen van de grondgebruiker en in sommige gevallen ziet dit op maatschappelijke belangen, zoals verkeersveiligheid en veiligheid van het vliegverkeer.
Samenwerking
Faunabeheereenheden bestaan uit vertegenwoordigers van de jachthouders, het is dan ook een samenwerkingsverband van jachthouders. Met de inwerkingtreding van de Wet natuurbescherming zullen de besturen worden uitgebreid met maatschappelijke organisaties. Thans hebben zitting in de FBE besturen; Staatsbosbeheer, Natuurmonumenten, de Landschappen, de Jagersvereniging, de Nederlandse Organisatie voor Jacht en Grondgebruik, de Federatie Particulier Grondbezit en de Land- en tuinbouw organisaties. In enkele provincies zijn ook de gemeenten en Rijksvastgoedbedrijf vertegenwoordigd.